Détails de catchR, un paquet R pour estimer la composition en âge et en longueur des captures de la pêche, avec une application à la morue franche de 3Pn4RS

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dc.contributor.author

Ouellette-Plante, Jordan

Van Beveren, Elisabeth

Benoît, Hugues P.‏

Brassard, Claude

dc.date.accessioned

2024-01-12T14:55:37Z

dc.date.available

2024-01-12T14:55:37Z

dc.date.issued

2022

dc.description.abstract - fr

L’estimation de la composition des captures selon l’âge et la longueur est une pratique courante dans l’évaluation des stocks, car cette information sur la structure de la population nous permet de mieux comprendre la productivité des stocks et les répercussions de la pêche sur ceux-ci. Comme la détermination de l’âge du poisson est coûteuse et qu’elle exige beaucoup de main d’œuvre et du personnel expérimenté, la composition selon l’âge est souvent déduite du sous échantillonnage stratifié de l’âge selon la longueur et de la composition selon la longueur de l’échantillon original. Bien que le principe sous-jacent soit relativement simple, les lacunes et les incohérences du processus d’échantillonnage ont mené à de multiples propositions d’algorithmes dans la littérature. Fait important, ces algorithmes sont souvent appliqués annuellement de manière ponctuelle et non documentée. La réplication des estimations des captures selon l’âge à partir des données sources peut donc s’avérer difficile et avoir une incidence sur la crédibilité des évaluations. Dans le cadre de ces travaux, nous avons utilisé la clé âge-longueur directe, un outil couramment utilisé, couplée à un algorithme hiérarchique fondé sur une procédure stratifiée pour remédier aux lacunes de l’échantillonnage. Le paquet R catchR découle de ces travaux et propose un nouveau cadre entièrement transparent et automatisé pour estimer les captures selon l’âge. À l’aide du stock de morue franche (Gadus morhua) des divisions 3Pn4RS de l’Organisation des pêches de l’Atlantique du Nord-Ouest (OPANO), le présent document de recherche décrit les principales fonctions du paquet R catchR, get.samples et get.caa utilisées pour calculer les captures selon l’âge. Pour le stock de morue franche de 3Pn4RS, l’algorithme automatisé, tel qu’actuellement défini, révèle les lacunes dans l’estimation des captures et du poids selon l’âge, en partie parce que le résultat de chaque année est maintenant entièrement comparable et parce qu’aucun rajustement subjectif ne peut être appliqué pour corriger, par exemple, une faible couverture d’échantillonnage pour une combinaison donnée d’année, de mois, de zone unitaire de l’OPANO et d’engin.

dc.description.abstract-fosrctranslation - en

Estimating the age and length composition of catches is common practice in stock assessment, as such information on population structure improves our understanding of stock productivity and the impacts of fishing on it. Since aging fish is costly, labour intensive and requires experienced staff, age composition is often inferred from stratified subsampling of age at length and the length composition of the original sample. Although the underlying principle is relatively straightforward, gaps and inconsistencies in the sampling process have led to multiple proposed algorithms in the literature. Importantly, these algorithms are often applied annually in a manner that can be ad hoc and undocumented. Replicating estimates of catches at age from source data can therefore be difficult and can impact the credibility of assessments. For this work, we employed the commonly used forward age-length key coupled to a hierarchical stratified procedure based algorithm for filling gaps in sampling. The R package catchR resulted from this work, and proposes a new, fully transparent and automated framework to estimate catch-at-age. Using the NAFO 3Pn4RS Atlantic cod (Gadus morhua) stock as an example, this research document provides a description of the main catchR functions, get.samples and get.caa, used to calculate catch-at-age. For the 3Pn4RS Atlantic cod stock, the automated algorithm, as currently defined, exposes the shortcomings in the estimation of catch- and weight-at-age, in part because the result of each year is now fully comparable and because no subjective adjustments can be applied to correct for example a poor sampling coverage for any given combination of year, month, NAFO unit area and gear.

dc.description.fosrcfull - fr

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dc.description.fosrcfull-fosrctranslation - en

1 online resource (iv, 71 pages) : charts

dc.identifier.citation

Ouellette-Plante, J., Van Beveren, E., Benoît, H.P. et Brassard, C. 2022. Détails de catchR, un paquet R pour estimer la composition en âge et en longueur des captures de la pêche, avec une application à la morue franche de 3Pn4RS. Secr. can. des avis sci. du MPO. Doc. de rech. 2022/015. iv + 71 p.

dc.identifier.govdoc

Fs70-5/2022-015F-PDF

dc.identifier.isbn

9780660425337

dc.identifier.issn

2292-4272

dc.identifier.uri

https://waves-vagues.dfo-mpo.gc.ca/library-bibliotheque/41054970.pdf

https://open-science.canada.ca/handle/123456789/1750

dc.language.iso

fr

dc.publisher

Pêches et Océans Canada, Secrétariat canadien des avis scientifiques

dc.relation.istranslationof

https://open-science.canada.ca/handle/123456789/1749

dc.subject - en

Nature and environment

Water

dc.subject - fr

Nature et environnement

Eau

dc.subject.en - en

Nature and environment

Water

dc.subject.fr - fr

Nature et environnement

Eau

dc.title - fr

Détails de catchR, un paquet R pour estimer la composition en âge et en longueur des captures de la pêche, avec une application à la morue franche de 3Pn4RS

dc.type - en

Report

dc.type - fr

Rapport

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iv, 71 pages

local.report.reportnum

2022/015

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Document de recherche (Secrétariat canadien des avis scientifiques)

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