Enrichment of antibiotic resistance genes in soil receiving composts derived from swine manure, yard wastes, or food wastes, and evidence for multiyear persistence of swine Clostridium spp.
Enrichment of antibiotic resistance genes in soil receiving composts derived from swine manure, yard wastes, or food wastes, and evidence for multiyear persistence of swine Clostridium spp.
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- dc.contributor.author
- Scott, Andrew
- Tien, Yuan-Ching
- Drury, Craig F.
- Reynolds, W. Daniel
- Topp, Edward
- dc.date.accessioned
- 2023-04-17T17:11:35Z
- dc.date.available
- 2023-04-17T17:11:35Z
- dc.date.issued
- 2018-01-17
- dc.description.abstract - en
- The impact of amendment with swine manure compost (SMC), yard waste compost (YWC), or food waste compost (FWC) on the abundance of antibiotic resistance genes in soil was evaluated. Following a commercial-scale application of the composts in a field experiment, soils were sampled periodically for a decade, and archived air-dried. Soil DNA was extracted and gene targets quantified by qPCR. Compared with untreated control soil, all 3 amendment types increased the abundance of gene targets for up to 4 years postapplication. The abundance of several gene targets was much higher in soil amended with SMC than in soil receiving either YWC or FWC. The gene target ermB remained higher in the SMC treatment for a decade postapplication. Clostridia were significantly more abundant in the SMC-amended soil throughout the decade following application. Eight percent of Clostridium spp. isolates from the SMC treatment carried ermB. Overall, addition of organic amendments to soils has the potential to increase the abundance of antibiotic resistance genes. Amendments of fecal origin, such as SMC, will in addition entrain bacteria carrying antibiotic resistance genes. Environmentally recalcitrant clostridia, and the antibiotic resistance genes that they carry, will persist for many years under field conditions following the application of SMC.
- dc.description.abstract-fosrctranslation - fr
- L’impact de l’amendement avec du compost de lisier de porc (CLP), du compost de résidus de jardin (CRJ) ou de compost de déchets alimentaires (CDA) sur l’abondance de gènes de résistance aux antibiotiques dans le sol a été évalué. À la suite d’une application à l’échelle commerciale de composts au cours d’une expérience sur le terrain, les sols ont été échantillonnés périodiquement pendant une décennie, et séchés à l’air pour être conservés. L’ADN du sol a été extrait et des gènes cibles quantifiés par qPCR. Comparativement au sol contrôle non traité, les sols amendés par les trois types de composts comportaient une abondance accrue de gènes cibles jusqu’à quatre ans après l’application. L’abondance de plusieurs gènes cibles était beaucoup plus élevée dans le sol amendé avec le CLP comparativement aux sols amendés avec du CRJ ou du CDA. Le gène cible ermB demeurait plus élevé dans le sol amendé au CLP jusqu’à dix après l’application. Les Clostridiums étaient significativement plus abondants dans le sol amendé au CLP pendant les dix ans suivant l’application. Huit pour cent des isolats de Clostridium spp. du sol amendé au CLP comportaient ermB. Dans l’ensemble, l’ajout d’amendements organiques aux sols a le potentiel d’accroitre l’abondance de gènes de résistance aux antibiotiques. Les amendements d’origine fécale comme le CLP entraineront de plus des bactéries qui contiennent des gènes de résistance aux antibiotiques. Des clostridiums récalcitrants dans l’environnement et les gènes de résistance aux antibiotiques qu’ils portent persisteront pendant plusieurs années sur le terrain à la suite de l’application de CLP. [Traduit par la Rédaction]
- dc.identifier.citation
- Scott, A., Tien, Y., Drury, C., Reynolds, W., & Topp, E. (2018). Enrichment of antibiotic resistance genes in soil receiving composts derived from swine manure, yard wastes, or food wastes, and evidence for multiyear persistence of swine Clostridium spp.. Canadian Journal of Microbiology. 64(3), 201-208. https://doi.org/10.1139/cjm-2017-0642
- dc.identifier.doi
- https://doi.org/10.1139/cjm-2017-0642
- dc.identifier.issn
- 1480-3275
- dc.identifier.uri
- https://open-science.canada.ca/handle/123456789/191
- dc.language.iso
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- Canadian Science Publishing
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- Green
- dc.rights.openaccesslevel - fr
- Vert
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- Agriculture
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- Enrichment of antibiotic resistance genes in soil receiving composts derived from swine manure, yard wastes, or food wastes, and evidence for multiyear persistence of swine Clostridium spp.
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- Canadian Journal of Microbiology
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- Yes
- local.peerreview - fr
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