Salmonella enterica Prophage Sequence Profiles Reflect Genome Diversity and Can Be Used for High Discrimination Subtyping
Salmonella enterica Prophage Sequence Profiles Reflect Genome Diversity and Can Be Used for High Discrimination Subtyping
Simple item page
Full item details
- dc.contributor.author
- Mottawea, Walid
- Duceppe, Marc-Olivier
- Dupras, Andrée A.
- Usongo, Valentine
- Jeukens, Julie
- Freschi, Luca
- Emond-Rheault, Jean-Guillaume
- Hamel, Jeremie
- Kukavica-Ibrulj, Irena
- Boyle, Brian
- Gill, Alexander
- Burnett, Elton
- Franz, Eelco
- Arya, Gitanjali
- Weadge, Joel T.
- Gruenheid, Samantha
- Wiedmann, Martin
- Huang, Hongsheng
- Daigle, France
- Moineau, Sylvain
- Bekal, Sadjia
- Levesque, Roger C.
- Goodridge, Lawrence D.
- Ogunremi, Dele
- dc.date.accessioned
- 2024-04-22T13:56:59Z
- dc.date.available
- 2024-04-22T13:56:59Z
- dc.date.issued
- 2018-05-03
- dc.description.abstract - en
- Non-typhoidal Salmonella is a leading cause of foodborne illness worldwide. Prompt and accurate identification of the sources of Salmonella responsible for disease outbreaks is crucial to minimize infections and eliminate ongoing sources of contamination. Current subtyping tools including single nucleotide polymorphism (SNP) typing may be inadequate, in some instances, to provide the required discrimination among epidemiologically unrelated Salmonella strains. Prophage genes represent the majority of the accessory genes in bacteria genomes and have potential to be used as high discrimination markers in Salmonella. In this study, the prophage sequence diversity in different Salmonella serovars and genetically related strains was investigated. Using whole genome sequences of 1,760 isolates of S. enterica representing 151 Salmonella serovars and 66 closely related bacteria, prophage sequences were identified from assembled contigs using PHASTER. We detected 154 different prophages in S. enterica genomes. Prophage sequences were highly variable among S. enterica serovars with a median ± interquartile range (IQR) of 5 ± 3 prophage regions per genome. While some prophage sequences were highly conserved among the strains of specific serovars, few regions were lineage specific. Therefore, strains belonging to each serovar could be clustered separately based on their prophage content. Analysis of S. Enteritidis isolates from seven outbreaks generated distinct prophage profiles for each outbreak. Taken altogether, the diversity of the prophage sequences correlates with genome diversity. Prophage repertoires provide an additional marker for differentiating S. enterica subtypes during foodborne outbreaks.
- dc.description.abstract-fosrctranslation - fr
- Les salmonelles non typhoïdiques sont l'une des principales causes de maladies d'origine alimentaire dans le monde. Une identification rapide et précise des sources de Salmonella responsables des épidémies est cruciale pour minimiser les infections et éliminer les sources continues de contamination. Les outils de sous-typage actuels, notamment le typage par polymorphisme nucléotidique unique (SNP), peuvent être inadéquats, dans certains cas, pour assurer la discrimination requise entre des souches de Salmonella sans lien épidémiologique. Les gènes prophages représentent la majorité des gènes accessoires dans les génomes bactériens et peuvent potentiellement être utilisés comme marqueurs de discrimination élevée chez Salmonella. Dans cette étude, la diversité des séquences de prophages dans différents sérovars de Salmonella et souches génétiquement apparentées a été étudiée. À l’aide de séquences génomiques entières de 1 760 isolats de S. enterica représentant 151 sérotypes de Salmonella et 66 bactéries étroitement apparentées, des séquences de prophages ont été identifiées à partir de contigs assemblés à l’aide de PHASTER. Nous avons détecté 154 prophages différents dans les génomes de S. enterica. Les séquences de prophages étaient très variables parmi les sérovars de S. enterica avec une plage médiane ± interquartile (IQR) de 5 ± 3 régions de prophages par génome. Alors que certaines séquences de prophages étaient hautement conservées parmi les souches de sérovars spécifiques, peu de régions étaient spécifiques à une lignée. Par conséquent, les souches appartenant à chaque sérovar pourraient être regroupées séparément en fonction de leur contenu en prophages. L'analyse des isolats de S. Enteritidis provenant de sept foyers a généré des profils de prophages distincts pour chaque foyer. Dans l’ensemble, la diversité des séquences des prophages est en corrélation avec la diversité du génome. Les répertoires de prophages fournissent un marqueur supplémentaire pour différencier les sous-types de S. enterica lors d'épidémies d'origine alimentaire.
- dc.identifier.uri
- https://open-science.canada.ca/handle/123456789/2362
- dc.language.iso
- en
- dc.publisher
- Frontiers Media
- dc.subject - en
- Health
- Health and safety
- dc.subject - fr
- Santé
- Santé et sécurité
- dc.subject.en - en
- Health
- Health and safety
- dc.subject.fr - fr
- Santé
- Santé et sécurité
- dc.title - en
- Salmonella enterica Prophage Sequence Profiles Reflect Genome Diversity and Can Be Used for High Discrimination Subtyping
- dc.type - en
- Article
- dc.type - fr
- Article
Download(s)
Original bundle
1 - 1 of 1
Name: Salmonella enterica Prophage Sequence Profiles Reflect Genome Diversity and Can Be Used for High Discrimination Subtyping.pdf
Size: 10.24 MB
Format: PDF
Collection(s)