Detection of circulating norovirus genotypes: hitting a moving target

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dc.contributor.author

Rooney, Brenda-Lee

Pettipas, Janice

Grudeski, Elsie

Mykytczuk, Oksana

Pang, Xiao-Li

Booth, Tim F.

Hatchette, Todd F.

LeBlanc, Jason J.

dc.date.accessioned

2024-04-28T00:07:56Z

dc.date.available

2024-04-28T00:07:56Z

dc.date.issued

2014-07-18

dc.description.abstract - en

Background: Although national surveillance programs are in place to monitor norovirus epidemiology, the emergence of new strains and the genetic diversity among genotypes can be challenging for clinical laboratories. This study evaluated the analytical and clinical performance characteristics of one real-time RT-PCR and two end-point RT-PCRs commonly used in microbiology laboratories. Methods: Lower limit of detection (LoD) was determined using 10-fold dilutions of noroviruses belonging to different genotypes. The clinical performance of the real-time and end-point RT-PCRs was assessed in parallel using nucleic acids extracted from 186 stool specimens. Results: The real-time RT-PCR was highly sensitive and specific for the detection of norovirus genotypes that are currently circulating in Canada. In contrast, the two end-point RT-PCRs displayed poor analytical sensitivity or complete failure to detect certain norovirus genotypes, which was correlated to sequence mismatches in the primer-binding sites. In an attempt to improve norovirus detection with the end-point RT-PCRs, both assays were processed concurrently and detection from either assay was considered a positive result. Concurrent testing resulted in only a modest increase in clinical sensitivity (75.0%) compared to each assay alone (62.5% and 71.9%). However, the false positivity rate increased from 1.98% and 3.36% for the assays alone to 5.47% with concurrent testing. Conclusions: This study emphasizes the benefits of a real-time method and provides support for routine surveillance to monitor norovirus epidemiology and ongoing proficiency testing to ensure detection of circulating norovirus genotypes.

dc.description.abstract-fosrctranslation - fr

Contexte : Bien que des programmes nationaux de surveillance soient en place pour surveiller l'épidémiologie des norovirus, l'émergence de nouvelles souches et la diversité génétique parmi les génotypes peuvent constituer un défi pour les laboratoires cliniques. Cette étude a évalué les caractéristiques de performance analytique et clinique d'une RT-PCR en temps réel et de deux RT-PCR en point final couramment utilisées dans les laboratoires de microbiologie. Méthodes : La limite inférieure de détection (LoD) a été déterminée en utilisant des dilutions 10 fois de norovirus appartenant à différents génotypes. Les performances cliniques des RT-PCR en temps réel et en point final ont été évaluées en parallèle à l'aide d'acides nucléiques extraits de 186 échantillons de selles. Résultats : La RT-PCR en temps réel s'est révélée très sensible et spécifique pour la détection des génotypes de norovirus qui circulent actuellement au Canada. En revanche, les deux RT-PCR finales ont montré une faible sensibilité analytique ou un échec total dans la détection de certains génotypes de norovirus, ce qui était corrélé à des mésappariements de séquences dans les sites de liaison aux amorces. Dans le but d'améliorer la détection des norovirus avec les RT-PCR finales, les deux tests ont été traités simultanément et la détection de l'un ou l'autre test a été considérée comme un résultat positif. Les tests simultanés n'ont entraîné qu'une légère augmentation de la sensibilité clinique (75,0 %) par rapport à chaque test seul (62,5 % et 71,9 %). Cependant, le taux de fausses positivités est passé de 1,98 % et 3,36 % pour les tests seuls à 5,47 % avec les tests simultanés. Conclusions : Cette étude met l'accent sur les avantages d'une méthode en temps réel et soutient la surveillance de routine pour surveiller l'épidémiologie des norovirus et les tests de compétence en cours pour garantir la détection des génotypes de norovirus en circulation.

dc.identifier.doi

https://doi.org/10.1186/1743-422X-11-129

dc.identifier.uri

https://open-science.canada.ca/handle/123456789/2373

dc.language.iso

en

dc.publisher

BMC

dc.subject - en

Health

Health and safety

dc.subject - fr

Santé

Santé et sécurité

dc.subject.en - en

Health

Health and safety

dc.subject.fr - fr

Santé

Santé et sécurité

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Detection of circulating norovirus genotypes: hitting a moving target

dc.type - en

Article

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