PCR Primers for Screening Food for Verotoxin-Producing Escherichia coli, Inclusive of Three vt1 and Seven vt2 Subtypes

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dc.contributor.author

McMahon, Tanis

Bastian, Jillian

Alshawa, Inas

Gill, Alexander

dc.date.accessioned

2024-03-06T21:53:18Z

dc.date.available

2024-03-06T21:53:18Z

dc.date.issued

2020-09-25

dc.description.abstract - en

Verotoxin-producing Escherichia coli (VTEC; also known as Shiga toxin–producing E. coli) is a significant cause of foodborne illnesses around the world. Due to the serological and genomic diversity of VTEC, methods of detection for VTEC in food samples require detection of verotoxin or its gene vt (also known as stx). The current taxonomy of vt identifies three vt1 (a, c, d) and seven vt2 (a to g) subtypes. PCR detection of vt is convenient and rapid, but protocols may not detect all currently identified variants or subtypes of vt. The Health Canada Compendium of Analytical Methods protocol for the analysis of food for VTEC is MFLP-52. MFLP-52 includes a VT Screening PCR that is used to determine the presumptive presence of VTEC by the detection of vt in food enrichments and to differentiate VTEC from other isolates. The VT Screening PCR was developed prior to the establishment of the current vt taxonomy. An evaluation of VT Screening PCR for detection of the 10 established vt subtypes was performed, and it was discovered that the method could not detect subtypes vt1d and vt2f. Additional primers and a modified protocol were developed, and the modified VT Screening PCR was tested against an inclusivity panel of 50 VTEC strains, including representatives of 10 vt subtypes, and an exclusivity panel of 30 vt-negative E. coli from various sources, to ensure specificity. The reliability of MFLP-52 with the modified VT Screening PCR was assessed by analysis of four priority food matrices (ground beef, lettuce, cheese, and apple cider) inoculated with a VTEC strain at 2 to 5 CFU/25 g. The modified VT Screening PCR was determined to be able to detect all 10 vt subtypes and reliably detect the presence of VTEC in all tested food enrichments.

dc.description.abstract-fosrctranslation - fr

Escherichia coli productrice de vérotoxines (VTEC ; également connue sous le nom d'E. coli productrice de shigatoxines) est une cause importante de maladies d'origine alimentaire dans le monde. En raison de la diversité sérologique et génomique des VTEC, les méthodes de détection des VTEC dans les échantillons alimentaires nécessitent la détection de la vérotoxine ou de son gène vt (également connu sous le nom de stx). La taxonomie actuelle de vt identifie trois sous-types vt1 (a, c, d) et sept vt2 (a à g). La détection par PCR du vt est pratique et rapide, mais les protocoles peuvent ne pas détecter tous les variants ou sous-types de vt actuellement identifiés. Le protocole du Compendium des méthodes analytiques de Santé Canada pour l'analyse des aliments pour le VTEC est le MFLP-52. MFLP-52 comprend une PCR de dépistage VT qui est utilisée pour déterminer la présence présumée de VTEC par la détection de VT dans les enrichissements alimentaires et pour différencier VTEC des autres isolats. Le VT Screening PCR a été développé avant l’établissement de la taxonomie actuelle du VT. Une évaluation de la PCR de dépistage VT pour la détection des 10 sous-types vt établis a été réalisée et il a été découvert que la méthode ne pouvait pas détecter les sous-types vt1d et vt2f. Des amorces supplémentaires et un protocole modifié ont été développés, et la PCR de dépistage VT modifiée a été testée sur un panel inclusif de 50 souches VTEC, comprenant des représentants de 10 sous-types vt, et un panel exclusif de 30 E. coli vt-négatifs provenant de diverses sources, pour assurer la spécificité. La fiabilité du MFLP-52 avec la PCR de dépistage VT modifiée a été évaluée par l'analyse de quatre matrices alimentaires prioritaires (bœuf haché, laitue, fromage et cidre de pomme) inoculées avec une souche VTEC à raison de 2 à 5 UFC/25 g. La PCR de dépistage VT modifiée a été déterminée comme étant capable de détecter les 10 sous-types de VT et de détecter de manière fiable la présence de VTEC dans tous les enrichissements alimentaires testés.

dc.identifier.doi

https://doi.org/10.4315/JFP-20-233

dc.identifier.uri

https://open-science.canada.ca/handle/123456789/2015

dc.language.iso

en

dc.publisher

Elsevier

dc.subject - en

Health

Health and safety

dc.subject - fr

Santé

Santé et sécurité

dc.subject.en - en

Health

Health and safety

dc.subject.fr - fr

Santé

Santé et sécurité

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PCR Primers for Screening Food for Verotoxin-Producing Escherichia coli, Inclusive of Three vt1 and Seven vt2 Subtypes

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