A State-Space Assessment Model for 3Ps Cod (3PsSSAM)

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dc.contributor.author

Cadigan, N.

dc.date.accessioned

2024-01-08T17:12:51Z

dc.date.available

2024-01-08T17:12:51Z

dc.date.issued

2023

dc.description.abstract - en

I describe an implementation of a state-space stock assessment model (SSM) for 3Ps cod. An assessment challenge for this stock is that there are uncertainties and possible biases in fishery landings information that are difficult to quantify. I use the censored likelihood approach based on the best available information on potential inaccuracies in landings to address this uncertainty. Hence, the SSM only uses information on lower and upper bounds of what the real fishery landings were. Information on the age-composition of the catches is included in the model fitting using a likelihood based on the continuation ratio logits of catch proportions-at-age. Otherwise, the SSM I describe is formulated like the typical SAM used in ICES assessments, with some differences in the stochastic model for variation in fishing mortalities (F’s) and the likelihood function for survey indices. I assume that survey indices have a normal distribution with a constant coefficient of variation. An advantage of this approach is that indices with zero values can be used for estimation, whereas they cannot be used with the more commonly used lognormal distribution. This is an important issue when there are many zeros that are not distributed at random throughout the survey ages and years, which is the case for 3Ps cod. Many model formulations were presented and compared in terms of AIC/BIC and other model results. Retrospective patterns were presented for some model formulations. The retrospective patterns were large enough to be a concern. The model formulations had trouble finding a good fit to the DFO RV and Sentinel indices. I did not find an acceptable assessment model formulation, and I concluded that further research on assessment inputs is needed before I could recommend a reliable assessment model formulation.

dc.description.abstract-fosrctranslation - fr

Je décris une mise en œuvre d’un modèle espace-état pour l’évaluation des stocks de morue de la sous-division 3Ps. Un des défis liés à l’évaluation de ces stocks est qu’il existe des incertitudes et des biais possibles dans l’information sur les débarquements de la pêche qui sont difficiles à quantifier. J’ai utilisé l’approche de la vraisemblance censurée basée sur la meilleure information disponible sur les inexactitudes potentielles liées aux débarquements pour traiter cette incertitude. En conséquence, le modèle espace-état n’utilise que de l’information sur les limites inférieures et supérieures des véritables débarquements de la pêche. L’information sur la composition selon l’âge des prises est incluse dans l’ajustement du modèle par l’application d’une vraisemblance fondée sur les logits du rapport de continuation des proportions des prises selon l’âge. Autrement, le modèle espace-état que je décris est formulé comme les modèles d’évaluation des stocks types utilisés dans les évaluations du CIEM, avec quelques différences dans le modèle aléatoire pour la variation des mortalités par pêche et la fonction de vraisemblance pour les indices d’après le relevé. Je suppose que les indices des relevés ont une distribution normale avec un coefficient de variation constant. L’un des avantages de cette approche est que les indices avec valeurs nulles peuvent être utilisés pour l’estimation, alors qu’ils ne peuvent pas être utilisés avec la distribution log-normale, la plus couramment employée. Il s’agit d’un problème important lorsque de nombreux zéros ne sont pas distribués aléatoirement dans les âges et les années des relevés, ce qui est le cas pour la morue de la sous-division 3Ps. De nombreuses formules de modèle ont été présentées et comparées en ce qui concerne les résultats d’AIC/de BIC et d’autres résultats de modèle. Des biais rétrospectifs ont été présentés pour certaines formules de modèle. Les biais rétrospectifs étaient suffisamment importants pour être préoccupants. Il a été difficile de bien apparier les formules de modèle aux indices de pêches sentinelles au filet maillant des NO et du MPO. Je n’ai pas trouvé une formule de modèle d’évaluation acceptable et j’ai conclu que d’autres recherches sur les intrants d’évaluation étaient nécessaires avant de pouvoir recommander une formule fiable.

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dc.identifier.citation

Cadigan, N. 2023. A State-Space Assessment Model for 3Ps Cod (3PsSSAM). DFO Can. Sci. Advis. Sec. Res. Doc. 2023/017. iv + 68 p.

dc.identifier.govdoc

Fs70-5/2022-017E-PDF

dc.identifier.isbn

9780660474687

dc.identifier.issn

1919-5044

dc.identifier.uri

https://waves-vagues.dfo-mpo.gc.ca/library-bibliotheque/41109120.pdf

https://open-science.canada.ca/handle/123456789/1549

dc.language.iso

en

dc.publisher

Fisheries and Oceans Canada, Canadian Science Advisory Secretariat

dc.relation.istranslationof

https://open-science.canada.ca/handle/123456789/1550

dc.subject - en

Nature and environment

Water

dc.subject - fr

Nature et environnement

Eau

dc.subject.en - en

Nature and environment

Water

dc.subject.fr - fr

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Eau

dc.title - en

A State-Space Assessment Model for 3Ps Cod (3PsSSAM)

dc.type - en

Report

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Rapport

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iv, 68 pages

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2023/017

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Research Document (Canadian Science Advisory Secretariat)

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