Stock assessment of Newfoundland and Labrador Atlantic salmon in 2020

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dc.contributor.author

Canadian Science Advisory Secretariat

Canada. Department of Fisheries and Oceans. Newfoundland and Labrador Region

dc.date.accessioned

2023-05-26T15:12:20Z

dc.date.available

2023-05-26T15:12:20Z

dc.date.issued

2022

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Seventeen populations of Atlantic Salmon (Salmo salar) were assessed in 2020. Returning adult salmon were counted on 16 rivers using monitoring fences or fishways, and returns were estimated on one river using a combination of a fish counting fence and snorkel survey (Little Barachois Brook, Salmon Fishing Area [SFA] 13). COVID-19 public health measures in 2020 resulted in disruptions and delays to Atlantic Salmon monitoring activities. There were no smolt counts in 2020 and adult fences were not installed on Harrys River (SFA 13) and Sand Hill River (SFA 2). Counting fences were installed later than normal on six rivers. The proportion of the 2020 salmon run prior to counting facility operations was estimated using available run timing data on each of these rivers since 2005. In 2020, eight of 16 monitored rivers with information over the previous generation showed declines in total returns. This included one river in Labrador (English River, SFA 1) and seven rivers in Newfoundland, six of which declined by >30% relative to the previous generation. Five of six of the rivers were located on the south coast of Newfoundland. The status of the three monitored Atlantic Salmon populations in SFA 11 on the south coast of Newfoundland were deep in the critical zone (less than 20% of the Limit Reference Point [LRP]). Returns to Conne River in 2020 were the lowest on record over the available time series, and returns to Little River were the second lowest, with both populations near local extinction. Estimated marine survival in 2020 (adult return year) on Conne River was <1%. Garnish River had historically large reported angling catches (approximately 1,000 to 2,000 fish landed in the late-1970s and 1980s) and, while monitoring data were limited (2015–20), the pattern of decline (>60%) was similar to neighbouring rivers. Estimated marine survival in 2020 (adult return year) on Garnish River was <1%. Marine survival was considered a major factor limiting the abundance of Atlantic Salmon in Newfoundland and Labrador, with adult returns in any given year determined primarily by marine survival rather than smolt production. Inter-annual estimates of marine survival were lower than the previous generation and three generation averages on most rivers where estimates were available. Of 13 rivers with information on adult returns over the previous three generations, total returns in 2020 were lower on six rivers (all in Newfoundland), five of which declined by more than 30%. In 2020, estimated spawning escapements (eggs) on Labrador rivers were in the critical zone (below the river-specific LRP) on Southwest Brook (SFA 2) and were in the healthy zone (above the Upper Stock Reference Point [USR]) on English River and Muddy Bay Brook. In 2020, estimated spawning escapements (eggs) on Newfoundland rivers were in the critical zone on seven of the 14 assessed rivers in 2020. Of the remaining rivers, five were in the healthy zone and two were in the cautious zone (between the LRP and USR). Preliminary estimates of harvest in the 2020 Labrador Indigenous and subsistence fisheries were inferred from logbooks (63% returned) to be 13,713 salmon in 2020 (7,558 small, 6,155 large), which was 3% lower than the previous seven-year average (2013–19). Recreational Fisheries Estimates of catch and effort for the 2020 recreational fishery were unavailable at the time of the assessment. Mean catch values over the previous generation were used to calculate 2020 total returns and spawning escapements, and involved 20,574 retained and 25,704 released salmon for Newfoundland rivers and 1,288 retained and 6,302 released for Labrador rivers. Genetics Juvenile surveys and genetic analysis indicated that the proportion of first-generation wild escapee hybrids in southern Newfoundland in 2019 and 2020 were the lowest since monitoring began in 2014. Despite this, first-generation hybrids were detected in both years in Fortune Bay, and samples from smaller rivers continued to be dominated by hybrids. Both experimental evidence and increases in the detection of the offspring of first-generation hybrids and wild salmon supported a role for precocial male hybrid maturation in ongoing introgression. Genomic analysis of Atlantic Salmon throughout the Conne River watershed suggested that: 1. despite genomic evidence of declines in abundance since the mid-1980s, there was still significant differentiation between the main stem and tributaries, and 2. introgression with farmed escaped salmon occurred in lower parts of the watershed. Population genomic analysis exploring European introgression into North American farmed salmon indicated that some farmed Atlantic Salmon had been interbred with European origin salmon, and that individuals escaped and hybridized in the wild in southern Newfoundland. Environment Marine ecosystem conditions in the Newfoundland-Labrador Bioregion remained indicative of overall limited productivity of the fish community. Total biomass of the entire fish community remained much lower than prior to the collapse in the early-1990s. It showed some recovery up to the early to mid-2010s, when some declines where observed. Current total biomass of the fish community remained below the early-2010s level, but with some positive signals in 2020. Since the mid-2000s, this assemblage reverted to a finfish dominated structure, though 2019–20 data suggested small increases in the proportion of shellfish. Mean annual air temperature in Newfoundland and southern Labrador was near the 1991- 2020 long-term average in 2020, characterized by a cold winter/spring and a warm summer. Summer sea surface temperatures (SST) were above average and sea ice was below average for the first time since 2014 and 2013, respectively. The amplitude and duration of the warmest SST conditions in the shallower areas around Newfoundland has increased since the 1980s, in agreement with climate change projections. Chlorophyll concentrations and zooplankton biomass were below normal in the early and mid-2010s, but have increased to values above the long-term (1999–2020) average since 2016–17. Changes in zooplankton community structure over the past decade resulted in fewer large and more small copepods although the abundance of large, energy-rich calanoid copepods increased to above-normal levels in some areas since 2017. Additionally, changes in zooplankton seasonality (weaker spring and stronger summer and fall zooplankton signals) may have changed the quality and timing of food availability for upper trophic levels.

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Dix-sept populations de saumon atlantique (Salmo salar) ont été évaluées en 2020. On a dénombré les remontes de saumons adultes dans 16 rivières à l’aide de barrières de surveillance ou de passes à poissons, et on les a estimées dans une rivière à l’aide d’une combinaison d’une barrière de dénombrement et d’un relevé au tuba (ruisseau Little Barachois, zone de pêche du saumon [ZPS] 13). Les mesures de santé publique liées à la COVID-19 en 2020 ont entraîné des perturbations et des retards dans les activités de surveillance du saumon atlantique. Il n’y a pas eu de dénombrement de saumoneaux en 2020 et les barrières pour les adultes n’ont pas été installées sur la rivière Harrys (ZPS 13) et la rivière Sand Hill (ZPS 2). Les barrières de dénombrement ont été installées plus tard que d’habitude sur six rivières. La proportion des remontes de saumons de 2020 avant l’installation de la barrière de dénombrement a été estimée à l’aide des données disponibles sur le moment de la montaison dans chacune de ces rivières depuis 2005. En 2020, on a constaté une diminution des remontes totales dans huit des 16 rivières surveillées sur lesquelles on dispose d’informations sur la génération précédente : une rivière au Labrador (rivière English, ZPS 1) et sept à Terre-Neuve, dont six ont connu un déclin de plus de 30 % par rapport à la génération précédente. Cinq de ces six rivières étaient situées sur la côte sud de Terre-Neuve. Les trois populations de saumon atlantique surveillées dans la ZPS 11 sur la côte sud de Terre-Neuve se situaient très bas dans la zone critique (moins de 20 % du point de référence limite [PRL]). Les remontes dans la rivière Conne en 2020 étaient les plus basses jamais enregistrées dans la série chronologique disponible, et celles dans la rivière Little étaient les deuxièmes plus basses, les deux populations étant proches de l’extinction locale. La survie en mer estimée en 2020 (année de montaison des adultes) dans la rivière Conne était inférieure à 1 %. Dans la rivière Garnish, les prises dans la pêche à la ligne étaient importantes autrefois (environ 1 000 à 2 000 poissons débarqués à la fin des années 1970 et dans les années 1980) et, bien que les données de surveillance soient limitées (de 2015 à 2020), la tendance au déclin (> 60 %) était similaire à celle des rivières voisines. La survie en mer estimée en 2020 (année de montaison des adultes) dans la rivière Garnish était inférieure à 1 %. La survie en mer était considérée comme un facteur majeur limitant l’abondance du saumon atlantique à Terre-Neuve-et-Labrador, les remontes d’adultes d’une année donnée étant déterminées principalement par la survie en mer plutôt que par la production de saumoneaux. Les estimations interannuelles de la survie en mer étaient inférieures aux moyennes de la génération précédente et de trois générations dans la plupart des rivières pour lesquelles des estimations étaient disponibles. Sur 13 rivières pour lesquelles on disposait de renseignements sur les remontes d’adultes au cours des trois générations précédentes, les remontes totales en 2020 étaient inférieures dans six rivières (toutes à Terre-Neuve), et ont diminué de plus de 30 % dans cinq d’entre elles. En 2020, les échappées estimées de géniteurs (œufs) dans les rivières du Labrador se situaient dans la zone critique (en dessous du PRL de la rivière) dans le ruisseau Southwest (ZPS 2) et dans la zone saine (au-dessus du point de référence supérieur du stock [PRS]) dans la rivière English et le ruisseau Muddy Bay. En 2020, les échappées estimées de géniteurs (œufs) se situaient dans la zone critique dans 7 des 14 rivières de Terre-Neuve évaluées en 2020. Elles se trouvaient dans la zone saine pour cinq autres rivières et dans la zone de prudence (entre le PRL et le PRS) pour deux. Les estimations préliminaires de la récolte dans les pêches autochtones et de subsistance au Labrador en 2020 ont été déduites des journaux de bord (dont 63 % ont été retournés) et s’élèvent à 13 713 saumons (7 558 petits et 6 155 grands), soit 3 % de moins que la moyenne des sept années précédentes (2013 à 2019). Pêches récréatives Les estimations des prises et de l’effort pour la pêche récréative de 2020 n’étaient pas disponibles au moment de l’évaluation. On a utilisé les valeurs moyennes des prises de la génération précédente pour calculer les remontes totales et les échappées de géniteurs de 2020, avec 20 574 saumons conservés et 25 704 relâchés pour les rivières de Terre-Neuve et 1 288 poissons conservés et 6 302 relâchés pour les rivières du Labrador. Génétique Les relevés sur les juvéniles et les analyses génétiques ont indiqué que la proportion d’hybrides sauvages-fugitifs de première génération dans le sud de Terre-Neuve en 2019 et 2020 était la plus faible depuis le début de la surveillance en 2014. Des hybrides de première génération ont malgré tout été détectés les deux années dans la baie Fortune et les échantillons des rivières plus petites étaient encore dominés par les hybrides. Tant les données expérimentales que l’augmentation de la détection de la progéniture d’hybrides de première génération et de saumons sauvages ont confirmé que la maturation précoce des hybrides mâles joue un rôle dans l’introgression en cours. L’analyse génomique du saumon atlantique dans tout le bassin versant de la rivière Conne a donné à penser que : 1. malgré les preuves génomiques d’un déclin de l’abondance depuis le milieu des années 1980, il existait toujours une différenciation significative entre le cours principal et les affluents; 2. une introgression avec des saumons d’élevage fugitifs s’est produite dans les parties basses du bassin versant. Une analyse génomique des populations explorant l’introgression européenne chez le saumon d’élevage nord-américain a indiqué que certains saumons atlantiques d’élevage s’étaient croisés avec des saumons d’origine européenne, et que des individus s’étaient échappés et s’étaient hybridés dans la nature au sud de Terre-Neuve. Environnement Les conditions de l’écosystème marin dans la biorégion de Terre-Neuve et du Labrador sont restées révélatrices d’une productivité globale limitée de la communauté de poissons. La biomasse totale de toute la communauté de poissons est demeurée beaucoup plus faible qu’avant l’effondrement survenu au début des années 1990. Elle a affiché une certaine reprise jusqu’au début et au milieu des années 2010, où l’on a observé des baisses. La biomasse totale actuelle de la communauté de poissons est restée en deçà de son niveau du début des années 2010, mais avec quelques signaux positifs en 2020. Depuis le milieu des années 2000, cet assemblage est revenu à une structure dominée par les poissons, bien que les données de 2019-2020 indiquent une légère augmentation de la proportion de mollusques et crustacés. La température annuelle moyenne de l’air en 2020 à Terre-Neuve et au sud du Labrador était proche de la moyenne à long terme de 1991 à 2020, caractérisée par un hiver/printemps froid et un été chaud. Les températures estivales de la surface de la mer étaient supérieures à la moyenne et la glace de mer était inférieure à la moyenne pour la première fois depuis 2014 et 2013, respectivement. L’amplitude et la durée des conditions les plus chaudes de la température de la surface de la mer dans les zones moins profondes autour de Terre-Neuve ont augmenté depuis les années 1980, conformément aux projections des changements climatiques. Les concentrations de chlorophylle et la biomasse du zooplancton étaient inférieures à la normale au début et au milieu des années 2010, mais elles ont augmenté et se situent au-dessus de la moyenne à long terme (1999-2020) depuis 2016-2017. La structure des communautés de zooplancton a changé dans la dernière décennie, avec moins de copépodes de grande taille et plus de petits copépodes, bien que l’abondance des copépodes calanoïdes de grande taille et riches en énergie ait augmenté pour dépasser la normale dans certaines régions depuis 2017. En outre, des changements de la saisonnalité du zooplancton (signaux du zooplancton plus faibles au printemps et plus forts en été et à l’automne) peuvent avoir modifié la qualité des aliments et la période où ils sont disponibles pour les niveaux trophiques supérieurs.

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DFO. 2022. Stock Assessment of Newfoundland and Labrador Atlantic Salmon in 2020. DFO Can. Sci. Advis. Sec. Sci. Advis. Rep. 2022/031.

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Fs70-6/2022-031E-PDF

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9780660444307

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1919-5087

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https://waves-vagues.dfo-mpo.gc.ca/library-bibliotheque/41073629.pdf

https://open-science.canada.ca/handle/123456789/380

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Center for Science Advice, Newfoundland and Labrador Region, Fisheries and Oceans Canada

dc.relation.istranslationof - fr

https://open-science.canada.ca/handle/123456789/379

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Nature and environment

Water

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Stock assessment of Newfoundland and Labrador Atlantic salmon in 2020

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2020 assessment of NL Atlantic salmon

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Report

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2022/031

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