The need for linked genomic surveillance of SARS-CoV-2
The need for linked genomic surveillance of SARS-CoV-2
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- creativework.keywords - en
- genomic surveillance
- SARS-CoV-2
- viral variants
- COVID-19
- epidemiology
- public health
- data sharing
- creativework.keywords - fr
- surveillance génomique
- SRAS-CoV-2
- variants viraux
- COVID-19
- épidémiologie
- santé publique
- partage des données
- dc.contributor.author
- Colijn, Caroline
- Earn, David J. D.
- Dushoff, Jonathan
- Ogden, Nicholas H.
- Li, Michael
- Knox, Natalie
- Van Domselaar, Gary
- Franklin, Kristyn
- Jolly, Gordon
- Otto, Sarah P.
- dc.date.accessioned
- 2023-12-15T15:45:28Z
- dc.date.available
- 2023-12-15T15:45:28Z
- dc.date.issued
- 2022-04-06
- dc.description.abstract - en
- Genomic surveillance during the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic has been key to the timely identification of virus variants with important public health consequences, such as variants that can transmit among and cause severe disease in both vaccinated or recovered individuals. The rapid emergence of the Omicron variant highlighted the speed with which the extent of a threat must be assessed. Rapid sequencing and public health institutions’ openness to sharing sequence data internationally give an unprecedented opportunity to do this; however, assessing the epidemiological and clinical properties of any new variant remains challenging. Here we highlight a “band of four” key data sources that can help to detect viral variants that threaten COVID-19 management: 1) genetic (virus sequence) data; 2) epidemiological and geographic data; 3) clinical and demographic data; and 4) immunization data. We emphasize the benefits that can be achieved by linking data from these sources and by combining data from these sources with virus sequence data. The considerable challenges of making genomic data available and linked with virus and patient attributes must be balanced against major consequences of not doing so, especially if new variants of concern emerge and spread without timely detection and action.
- dc.description.abstract-fosrctranslation - fr
- La surveillance génomique au cours de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a été essentielle pour repérer en temps utile les variants du virus ayant des conséquences importantes pour la santé publique, telles que les variants qui peuvent se transmettre et provoquer une maladie grave chez les personnes vaccinées ou guéries. L’émergence rapide du variant Omicron a mis en évidence la rapidité avec laquelle l’étendue d’une menace doit être évaluée. Le séquençage rapide et l’ouverture des institutions de santé publique au partage international des données de séquençage offrent une occasion sans précédent de le faire. Toutefois, l’évaluation des propriétés épidémiologiques et cliniques de tout nouveau variant reste un défi. Nous mettons ici en évidence un « groupe de quatre » sources de données clés qui peuvent aider à détecter les variants viraux qui menacent la gestion de la COVID-19 : 1) des données génétiques (séquence du virus), 2) des données épidémiologiques et géographiques, 3) des données cliniques et démographiques, et 4) des données sur la vaccination. Nous soulignons les avantages qui peuvent être obtenus en reliant les données de ces sources et en combinant les données de ces sources avec les données de séquences virales. Les défis considérables que représente la mise à disposition des données génomiques et les coupler avec les caractéristiques des virus et des patients doivent être comparés aux conséquences majeures de ne pas le faire, notamment si de nouveaux variants préoccupants apparaissent et se propagent sans être détectés et traités à temps.
- dc.identifier.citation
- Colijn C, Earn DJD, Dushoff J, Ogden NH, Li M, Knox N, Van Domselaar G, Franklin K, Jolly GW, Otto SP. The need for linked genomic surveillance of SARS-CoV-2. Can Commun Dis Rep 2022;48(4):131–9. https://doi.org/10.14745/ccdr.v48i04a03
- dc.identifier.doi
- https://www.doi.org/10.14745/ccdr.v48i04a03
- dc.identifier.issn
- 1481-8531
- dc.identifier.other
- PMC9017802
- dc.identifier.pubmedID
- 35480703
- dc.identifier.uri
- https://open-science.canada.ca/handle/123456789/1349
- dc.language.iso
- en
- dc.publisher
- Public Health Agency of Canada
- dc.relation.istranslationof
- https://open-science.canada.ca/handle/123456789/1350
- dc.rights - en
- Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0)
- dc.rights - fr
- Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0)
- dc.rights.openaccesslevel - en
- Gold
- dc.rights.openaccesslevel - fr
- Or
- dc.rights.uri - en
- https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
- dc.rights.uri - fr
- https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.fr
- dc.subject - en
- Health
- dc.subject - fr
- Santé
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- Santé
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- The need for linked genomic surveillance of SARS-CoV-2
- dc.type - en
- Article
- dc.type - fr
- Article
- local.article.journalissue
- 4
- local.article.journaltitle
- Canada Communicable Disease Report (CCDR)
- local.article.journalvolume
- 48
- local.pagination
- 131–139
- local.peerreview - en
- Yes
- local.peerreview - fr
- Oui
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